В придонном слое воды большое количество растворенного Аммиака (в виде Аммония), что приводит к большому содержанию нитритов в придонных слоях воды. Пока бактерии не переведут токсичные нитриты в безопасные нитраты, рыба не будет брать корм с поверхности ила, вернее сказать будет плохо брать корм с поверхности ила, и, соответственно, будет плохо питаться мотылем и обитателями ила.
Количество растворенного в воде аммиака мы можем оценить при помощи таблиц, зная температуру воды и значение рН, которые мы можем измерить. Зная количество растворенного в воде аммиака, мы можем оценить, приблизительно, количество растворенных в воде органических веществ и биогенных элементов.
Аммиак и соли Аммония: Аммиак появляется в воде в результате процессов: жизнедеятельности живых организмов; биологического расщепления белковых соединений; как продукт синтеза бактерий; в результате попадания в водоем: хозяйственных стоков, канализационных стоков, удобрений. Ионы Аммония для рыб менее токсичны, чем свободный Аммиак.

Нитриты (NO2-): Нитриты образуются в процессе окисления азотосодержащих органических веществ. Нитриты свидетельствуют о свежем органическом загрязнении водоема. Нитриты попадают в воду в результате загрязнения хозяйственными и бытовыми стоками, смывами с полей, при проведении удобрения прудов. Нитриты могут восстанавливаться из нитратов в анаэробных условиях, например в грунтах водоемов. При повышенном содержании нитритов обычно отмечают низкий уровень растворенного кислорода. Нитриты токсичны для рыб. Они нарушают связывание кислорода гемоглобином.

Нитраты (NO3-): Нитраты образуются из нитритов в результате процесса нитрификации, либо попадают в водоемы в результате смыва удобрений с полей, с атмосферными осадками, различными стоками. Повышенный уровень нитратов свидетельствует о том, что в водоеме, в недалеком прошлом, имело место органическое загрязнение. Нитраты значительно менее токсичны, чем нитриты.
Аммиак тоже "пахнет" хорошо, но все пишут про метанирующий ил  . Про аммиак - коротко и без формул - Образование аммиака. Откуда берется аммиак в пруду?

Много аммиака производят сами рыбы, в процесс метаболизма. Рыбы получают энергию вследствие расщепления белков, а белки, как мы знаем, содержат азот. Конечно, рыбам нужен азот в пище, но не в таком количестве, которое высвобождается при расщеплении белков, поэтому они выводят азот из организма. В процессе обмена веществ у карпов 92% неиспользованного азота выводится из организма в виде аммиака, остальные 8% в виде мочевины. Это – часть непрерывного цикла азота в природе. 88% аммиака выводится через жабры, некоторое количество через почки. Главный орган, высвобождающий азот в процессе расщепления белков – печень, следом идут почки, мускулатура и кишечник. Аммиак очень вреден для рыб, а рыбы постоянно производят аммиак, поэтому очевидно, что в таком ограниченном пространстве, как пруд, нужно что-то предпринять для предотвращения отравления рыб. Даже низкое содержание аммиака приводит к ослаблению здоровья рыбы и делает ее более уязвимой к болезням.

Первый шаг в преобразовании аммиака – образование нитрита, которым «занимается» бактерия нитросомонас. Однако концентрация нитрита представляет собой проблему не меньшую, чем аммиак. Нитриты также токсичны, поэтому даже небольшой процент его содержания в воде недопустим. Если Вы хотите создать прудик или он у Вас уже есть и Вы сталкиваетесь с проблемами со здоровьем рыб – проверьте уровень аммиака и нитритов. Конечно, причиной заболевания рыб может быть и что-то другое, но зачастую все начинается с токсинов. Приобретите тесты на содержание таких азотистых соединений, чтобы иметь возможность отслеживать и контролировать ситуацию.

Небольшое отступление по цикличности. Экосистема пруда представляет собой сообщество, все члены которого заняты своей работой. Рыбы не полностью переваривают потребляемую ими пищу (процесс переваривания не настолько совершенен). Многие отходы жизнедеятельности рыб содержат белки и другие соединения, не расщепленные пищеварительной системой. Многие виды бактерий начинают расщеплять продукты жизнедеятельности рыб уже после того, как они покинули организм рыбы, что приводит к образованию большего количества аммиака.

Вернемся к нитрификации. Конечным продуктом процесса являются нитраты, производимые из нитритов бактериями нитробактер. Это азотистое соединение гораздо менее опасно для рыб, десятки мг на литр не представляют никакой угрозы здоровью и самочувствию кои. Помните, однако, что нитраты не совсем безвредны, поэтому и их уровень следует измерять для контроля и, при необходимости, снижения уровня их содержания. Этого можно добиться заменой воды в прудике (около 10% в неделю) и посадкой растений, которые будут потреблять нитраты и фосфаты для своего питания. Очень интересно.

Отравление рыб аммиаком, сероводородом, нитратами, нитритами
Симптомы: См. описание болезни..

Аммиаком (NH3) (Ацидемия)

Причины: Аммиак выделяют сами рыбы в процессе обмена веществ. Аммиак является сильным ядом, который смертелен даже в небольших концентрациях (0,5мг/л). Он должен удаляться из аквариума с помощью фильтровальной установки и никогда не должен превышать концентрацию 0,01мг/л, иначе это приведет к хроническим физиологическим нарушениям. Повышенное содержание аммиака в аквариуме может вызвать большое количество остатков пищи, перенаселенности аквариума, перекармливание и наличие мертвых рыб.

Симптомы: Недостаток кислорода и затруднение дыхания. Нарушение координации движений и попытки выпрыгнуть из воды. Потемнение окраски тела. Повреждение жабр.

Лечение: Если произошло резкое отравление аммиаком, то рыб сразу же нужно пересадить в свежую воду. В перенаселенных аквариумах, где концентрация аммиака велика и где рыбы привыкли к этой концентрации нужно поставить дополнительный фильтр и проводить аэрацию.

Профилактика: Для предотвращения отравления аммиаком нужно согласовать производительность фильтра, емкость аквариума, количество рыб и количество корма, даваемого рыбам. Остатки пищи, мертвых рыб следует сразу удалять из аквариума. Снижение содержания аммиака в аквариумной воде обеспечивается фильтрованием и подходящим фильтровальным материалом. Кроме того, надо не допускать, чтобы остатки пищи оставались после кормления.

Сероводородом (N2S)

Причины: При чрезмерном кормлении рыб на дне аквариума из остатков пищи и экскрементов (нитраты) рыб будет образовываться анаэробная среда, в которой нитраты преобразуются в азот. Когда органические соединения кончатся, разрушению подвергнутся протеины и аминокислоты, содержащие серу. Эта сера будет восстанавливаться до сероводорода, бесцветного, пахнущего тухлыми яйцами, сильно ядовитого и хорошо растворимого в воде газа.

Симптомы: Помутнение воды. Нехватка кислорода, удушье. Рыбы заглатывают кислород и плавают у поверхности воды. Сероводород повреждает кровь.

Лечение: Если действительно обнаружится содержание в воде сероводорода, то придется все тщательно почистить и промыть, чтобы устранить органическое загрязнение. При очистке дна анаэробные участки обнаруживаются по черной окраске грунта и по неприятному запаху тухлых яиц.

Профилактика: Важно давать рыбам столько корма, сколько они способны съесть за несколько минут. Корм не должен оседать на дно и там разлагаться. Остатки корма нужно незамедлительно удалять. В чистом аквариуме продукты гниения органических веществ сразу окисляются до нитратов. Нитраты в результате анаэробного разложения на дне преобразуются в безвредный азот, удаляющийся путем аэрации.

Нитратами

Нитраты относительно безвредны для рыб, но чувствительные виды чувствительны к нитратам. При отравлении нитратами бледнеют жабры, наступает удушье, рыбы становятся вялыми. При отравлении рекомендуется чаще менять воду и добавить в воду 1-0,5 чайной ложки на 100л воды.

Нитратный шок

Шок, вызванный внезапным воздействием высокой концентрации нитратов, наступает у рыб после того, как их запускают в плохо содержащийся аквариум, в котором из-за недостаточно регулярной частичной подмены воды концентрация нитратов постепенно повышалась. Как правило, в течение длительного периода времени. Рыбы, которые давно живут в таком аквариуме, могут выглядеть совершенно здоровыми, потому что они постепенно приспособились к повышающейся концентрации нитратов.

Пока не ясно, обусловлен ли "нитратный шок" только высоким содержанием нитратов или общим токсическим воздействием накопившихся органических отходов.

Признаки. Обычно рыбы заболевают через 1-3 суток после запуска в аквариум, иногда демонстрируя признаки острого отравления. Нередко, включив свет в аквариуме на второй или третий день пребывания в "новом жилище", их обнаруживают мертвыми без каких-либо признаков болезни. Если при измерении концентрации нитратов получено высокое значение (скажем, выше 25 мг/литр), следует подозревать нитратный шок.

Предотвращение. Ради того чтобы все рыбы были здоровыми, избегайте высокой концентрации нитратов. Обязательно проверяйте концентрацию нитратов в аквариуме, в который вы предполагаете запустить новых рыб, и если необходимо, немедленно принимайте меры по исправлению положения. Не следует запускать новых рыб в аквариум с высоким уровнем содержания нитратов.

Лечение. Если аквариумист быстро осознает свою ошибку, то ситуацию поможет исправить подмена значительной части воды или пересадка рыб в другой аквариум с низким содержанием нитратов. Однако во многих случаях непоправимый вред или даже смерть рыб наступают еще до того, как проявляются какие-либо признаки проблемы.

Примечание. Торговца, продавшего злополучных новых рыб, нередко обвиняют в том, что он продал низкокачественных особей. На самом же деле его "вина" заключалась в том, что он держал рыб в гораздо более высококачественной воде, чем многие аквариумисты!

Отравление нитритами

При отравлениями нитритами кровь и жабры становятся коричневыми. Лечение заключается во внесении в воду метиленовой сини 3-4мг/л и поваренной соли 2г/л.

Нитриты (NO2-) образуются в ходе азотного цикла и являются продуктом распада аммиака. Нитриты токсичны для рыб, но меньше, чем аммиак.

Нитриты приносят вред рыбам, поражая их дыхательную систему. Через жабры они попадают в кровь и там вызывают окисление гемоглобина (пигмента в красных кровяных клетках, переносящего кислород) и превращение его в метгемоглобин, который не способен эффективно переносить кислород. Высокая концентрация нитритов может вызвать некоторые симптомы, характерные для острого отравления, а также смерть от гипоксии. Длительное воздействие слегка повышенной концентрации нитритов, хотя и относительно редко встречается, вызывает общее ухудшение состояния здоровья и подавление иммунной системы, как и при других видах хронического отравления.

Признаки. Среди симптомов острого отравления нитритами - учащенное дыхание; рыбы держатся у поверхности воды и дышат с трудом. Кроме того, наблюдаются судороги, особенно у мелких рыб. Ткани жабр вместо нормального здорового ярко-красного цвета могут приобрести совсем другой цвет - от фиолетового до коричневого. Через несколько часов или дней - в зависимости от выносливости данного вида - может наступить смерть. Мальки особенно уязвимы.

Причина. Высокая концентрация нитритов в воде. Причины такие же, как в случае отравления аммиаком.

Предотвращение. Хороший уход за аквариумом и эффективная биологическая фильтрация. Концентрацию нитритов следует поддерживать на нулевом уровне (т. е. она не должна обнаруживаться).

Лечение.

Такое же, как в случае острого отравления. Наилучший вариант - перевести рыб в другой аквариум, свободный от нитритов.
В качестве альтернативы, если рыбы хорошо переносят соль, можно добавить в аквариум 1 г пищевой соли (хлорида натрия) на 10 литров аквариумной воды. Эта мера позволит существенно снизить токсичность нитритов (см. главу 27- раздел, посвященный лечению болезней, связанных с окружающей средой).
Еще одна возможность - использовать созревший фильтр из другого аквариума (если он есть), который обычно позволяет снизить концентрацию нитритов до почти нулевого уровня за 1-2 суток.
Необходимо установить и устранить причину, лежащую в основе данной проблемы.